São Gonçalo foi fundado em 6 de abril de 1579 por Gonçalo Gonçalves. Em 22 de setembro de 1890, o então Distrito de São Gonçalo é emancipado politicamente e desmembrado de Niterói. De lá para cá, o município se desenvolveu consideravelmente.
         Em 6 de abril de 1579, o colonizador Gonçalo Gonçalves fundava São Gonçalo, que era uma sesmaria de sua propriedade. Mais tarde, mandou edificar a primeira capela, às margens do Rio Guaxindiba, marcando a colonização da sesmaria, e a Segunda às margens do Rio Imboaçu, com o nome do santo de sua devoção, São Gonçalo D'Amarante, daí atribuindo-se o nome ao Município. É nessa data, portanto, que realmente se lançava a pedra fundamental.
         São Gonçalo era habitado, na época, pelos índios Tamoios, cujas domínios estendiam-se até Angra dos Reis. Seu desmembramento, iniciado no final do século XVI, foi efetuado pelos jesuítas que, no começo do século  XVII, instalaram uma fazenda na zona conhecida como Colubandê, às margens da atual RJ-104.
        Essas terras foram doadas em sesmaria, ainda na primeira metade do século, a Gonçalo Gonçalves, que edificou, às margens do Rio Guaxindiba, uma capela dedicada a São Gonçalo, como marco da colonização.
         Em 1646, foi alçada à categoria de paróquia, já que, segundo registros da época, a localidade-sede ocupava uma área de 52 Km2 , com aproximadamente 6 mil hab., sendo transformada em freguesia. Visando a facilidade de comunicação, a sede da sesmaria foi posteriormente transferida para as margens do Rio Imboaçu, onde foi construída uma Segunda capela, monumento atualmente restaurado. O conjunto de marcos históricos remanescentes do século XVII inclui a Fazenda Nossa Senhora da Boa Esperança, em Ipiíba, e a propriedade do capitão Miguel Frias de Vasconcelos, no Engenho Pequeno. A capela de São João, Porto do Gradim, e a Fazenda da Luz, em Itaoca, são lembranças de uma passado colonial em São Gonçalo.
          Em 1860, 30 engenhos já estavam exportando através dos portos de Guaxindiba, Boaçu, Porto Velho, e Ponta de São Gonçalo. Dessa época, as fazendas do Engenho Novo e Jacaré (1800), ambas de propriedade do Barão de São Gonçalo, o Cemitério de Pachecos (1842) e a propriedade do Conde de  Baurepaire Rohan, na Covanca (1820), são os elementos mais importantes.
            Em 22 de setembro de 1890, o Distrito de São Gonçalo é emancipado politicamente e desmembrado de Niterói, através do decreto estadual nº 124.
          Em 1892, o decreto nº 1, de 8 de maio, suprime o município de São Gonçalo, reincorporando-o a Niterói pelo breve período de sete meses, sendo restaurado pelo decreto nº 34, de 7 de dezembro do mesmo ano. Em 1922, o decreto 1797 concede-lhe novamente foros de cidade, revogada no em 1923, fazendo a cidade baixar à categoria de vila. Finalmente, em 1929, a Lei nº 2335, de 27 de dezembro, concede a categoria de cidade a todos as sedes do município.